Từ bắc đến nam, châu thổ dài xấp xỉ 160 km. Từ đông đến tây, nó bao phủ 240 km đường bờ biển. Châu thổ này đôi khi được chia thành các khu vực; sông Nin cũng tách thành hai phân lưu chính, Damietta và Rosetta, đổ vào Địa Trung Hải tại hai thành phố cảng cùng tên. Trước kia, sông Nin có một vài phân lưu khác nhưng chúng đã bị mất đi do lũ lụt, bồi lắng và thay đổi dòng chảy. Một phân lưu đã mất như thế là Wadi Tumilat. Kênh đào Suez chạy qua phía đông của châu thổ, đổ vào hồ Manzala ven biển nằm về phía đông bắc châu thổ sông Nin. Phía tây bắc cũng có ba hồ ven biển khác là hồ Mariout, hồ Burullus và hồ Idku.

Đây được coi là một châu thổ "hình cung" bởi nó trong giống một tam giác hoặc hoa sen khi nhìn từ trên cao. Các rìa phía ngoài của châu thổ sông Nin đang bị xói mòn và một số phá ven biển đang dần bị xâm thực khi mà Địa Trung Hải đang ngày càng mở rộng vào. Từ khi châu thổ sông Nin không nhận được thêm phù sa dinh dưỡng hằng năm từ thượng nguồn do việc xây dựng con đập Aswan, đất đai của những vùng đông bằng vẫn thường ngập lũ vào mùa hè trước đây nay trở nên nghèo dinh dưỡng dần và một lượng lớn phân bón đã được đưa vào sử dụng. Tầng đất mặt ở châu thổ này có thể sâu đến 70 feet (21 m).